يقع في قمة هرم المؤسسة مجلس الأمناء الذي يقوم بدوره باختيار أعضاء المجلس، ومن ثم يتم اختيار رئيس مجلس إدارة المؤسسة، والذي يتم من قبله اختيار أعضاء المجلس.
ويقوم مجلس إدارة المؤسسة باعتماد الخطط الإستراتيجية والسنوية والموازنات التقديرية للمؤسسة والإشراف على تنفيذها وتقويم نتائجها، وكذلك تنمية الموارد المالية للمؤسسة ووضع الخطط والإشراف المباشر عليها، بالإضافة إلى اعتماد المشاريع والبرامج الخيرية، وهو المجلس المخول بتعيين الأمين العام للمؤسسة وإقرار المعايير والضوابط اللازمة لتحديد المستفيدين من خدمات المؤسسة بالإضافة إلى اعتماد اللوائح الداخلية للمؤسسة وغيرها.
وفيما يلي الهيكل الإداري للمؤسسة :
